Kl. 18.18 eksploderer en terroristbombe i en parkeringshus i World Trade Center i New York City, hvilket efterlader et krater 60 meter bredt og forårsager sammenbrud af flere stålarmerede betongulve i nærheden af eksplosionen. Selv om terrorbomben ikke skød kritisk skade på hovedstrukturen i skyskrabere, blev seks mennesker dræbt og mere end 1.000 blev såret. World Trade Center selv led mere end 500 millioner dollars i skade. Efter angrebet evakuerede myndighederne 50.000 mennesker fra bygningerne, hvoraf hundreder led af røgindånding. Evakueringen varede hele eftermiddagen.
Bymyndighederne og Federal Bureau of Investigation (FBI) påtog sig et massivt manhunt for mistænkte, og inden for få dage blev flere radikale islamiske fundamentalister arresteret. I marts 1994 blev Mohammed Salameh, Ahmad Ajaj, Nidal Ayyad og Mahmoud Abouhalima dømt af en føderal jury for deres rolle i bombningen, og hver blev dømt til livstid i fængsel. En palæstinenser, Salameh, blev arresteret, da han gik for at hente det $ 400 depositum, han havde efterladt til Ryder-lejebilen, der blev brugt i angrebet. Ajaj og Ayyad, som begge spillede en rolle i opførelsen af bomben, blev arresteret kort efter. Abouhalima, som hjalp med at købe og blande eksplosiverne, flygtede til Saudi-Arabien men blev fanget i Egypten to uger senere.
Attacken af angrebet Ramam Ahmed Yousef blev tilbageholdt indtil februar 1995, da han blev arresteret i Pakistan. Han havde tidligere været på Filippinerne, og i en computer, han forlod, blev der fundet terrorplaner, der omfattede et komplot til at dræbe pave John Paul II og en plan om at bombe 15 amerikanske flyvemaskiner på 48 timer. På flyvningen tilbage til De Forenede Stater indrømmede Yousef efter sigende over for en Secret Service-agent, at han havde rettet Trade Center-angrebet fra begyndelsen og endda hævdede at have indstillet den sikring, der eksploderede bomben på 1.200 pund. Hans eneste beklagelse, citerede agenten, sagde Yousef, var, at det 110-etagers tårn ikke kollapsede i dets tvilling som planlagt en katastrofe, der ville have forårsaget tusinder af dødsfald.
Eyad Ismoil, der kørte Ryder-varevognen ind i parkeringshuset under World Trade Center, blev fanget i Jordan det år og ført tilbage til New York. Alle de involverede mænd havde bånd til Sheik Omar Abdel Rahman, en radikal egyptisk religiøs leder, der opererede ud af Jersey City, New Jersey, beliggende lige over Hudson-floden fra Manhattan. I 1995 blev Rahman og 10 tilhængere dømt for sammensværgelse for at sprænge De Forenede Nationers hovedkvarter og andre vartegn i New York. Anklagere hævdede, at World Trade Center-angrebet var en del af denne sammensværgelse, skønt der blev fremlagt ringe klare beviser for denne anklagelse.
I november 1997 blev Yousef og Ismoil dømt i en retssal kun få blokke væk fra tvillingtårnene og derefter dømt til livstid i fængsel uden mulighed for prøveløslatelse. Kun en anden mand, der antages at være direkte involveret i angrebet, den irakiske Abdul Rahman Yasin, forbliver stort set.
Efter bombeangrebet i 1998 af U.S.-ambassader i Kenya og Tanzania begyndte amerikanske efterforskere at mistænke, at Yousef havde bånd til den saudiske eksil Osama bin Laden, lederen af anti-U.S. al Qaida-terroristnetværket. Hvorvidt bin Laden faktisk var involveret i Twin Tower-angrebene i 1993 er ikke blevet bestemt, men den 11. september 2019 afsluttede to grupper af al-Qaida-terrorister det job, der blev startet af Yousef, hvor de to kaprede flyvemaskiner styrtede ned i det nordlige og sydlige tårn af World Trade Center.
Det strukturelle stål af skyskrabere kunne ikke modstå den enorme varme, der blev genereret af det brændende jetbrændstof, og begge kollapsede inden for to timer efter, at de blev ramt. Næsten 3.000 mennesker døde i World Trade Center og dets omgivelser, inklusive en svimlende 343 brandmænd og 23 politimænd, der kæmpede for at afslutte evakueringen og redde kontorarbejderne fanget i højere etager. Kun seks mennesker i World Trade Center-tårnene på tidspunktet for deres sammenbrud overlevede. Næsten 10.000 andre mennesker blev behandlet for kvæstelser, mange alvorlige.
