Generalkonfedereret Robert E. Lee beskæftiger sig med et svær nederlag for Union General John Pope i det andet slag om Bull Run, Virginia's kamp, der opstod på grund af fiaskoen i Union General George McClellans Peninsular-kampagne tidligere om sommeren. Frustreret med McClellan, som stadig var slået lejr på James-halvøen sydøst for Richmond, besluttede præsident Abraham Lincoln og generaldirektør Henry Halleck at trække en væsentlig del af McClellans hær af Potomac og det til general John Pope's nyoprettede hær i Virginia .
Lee gættede korrekt, at McClellan ikke havde nogen planer om at angribe Richmond, så han sendte general Thomas J. "Stonewall" Jackson nord for at holde øje med paveens styrke. Da det blev klart, at Yankees opgav halvøen, flyttede Lee mere af sin styrke nordover for at besejre paven, inden forstærkninger ankom.
Planen fungerede perfekt, og Jackson angreb på et stort EU-forsyningsdepot i Manassas, Virginia. Da han indså, at konføderationerne var splittet, begyndte paven at forfølge Jackson. Men han kunne ikke finde oprørsstyrken, som var skjult i skoven omkring Bull Run, stedet for krigens første store kamp mere end et år tidligere. Pave var forvirret og udstedte modstridende ordrer, der frustrerede hans tropper, der marsjerede frem og tilbage i to dage.
Den 28. august vidste Jackson, at der var hjælp i nærheden i form af general James Longstreet's korps. Jacksons mænd kom ud af skoven og angreb en EU-afdeling sent på dagen, men kampene endte i stilstand. Den 29. august angreb paven, men hans hær gik ikke godt. Konføderationerne kartlagt Unionstropperne, og inden 30. august måtte paven trække sig tilbage. Hans hær mistede over 16.000 mand til de konfødererede 9.000.
Mest chokerende var McClellans reaktion, nu tilbage fra halvøen. Han var i nærliggende Alexandria, Virginia, og modsatte sig et korps for at hjælpe paven. Stadig smart fra overførslen af sine tropper til Pope's kommando, "ønskede han, at paven blev besejret," som Lincoln senere skrev. Men Lincoln kunne ikke fjerne McClellan for sit forræderi, fordi Lee snart begyndte at flytte sin hær ind i Maryland for en invasion af Norden.