Konfødererede general Thomas "Stonewall" Jackson fanger Harpers Ferry, Virginia (nutidig West Virginia) og omkring 12.000 unionssoldater, når general Robert E. Lees hær flytter nordover i Maryland.
Den føderale garnison inde i Harpers Ferry var sårbar over for et konfødereret angreb efter Lees invasion af Maryland i september. Den strategiske by ved Potomac-floden blev afskåret fra resten af Unionens hær. General George B. McClellan, kommandant for Army of the Potomac, sendte s til Union General Dixon Miles, kommandør for Harpers Ferry garnisonen, for at holde byen for enhver pris. McClellan lovede at hjælpe, men han måtte beskæftige sig med resten af den konfødererede hær.
Jackson rullede sit artilleri på plads og begyndte at afskalde byen den 14. september. Yankees havde kort ammunition, og Miles bød kun lidt modstand, før han accepterede at overgive sig om morgenen den 15. september. Da Miles 'hjælp, general Julius White, red til Jackson for at forhandle overgivelsesvilkår, en konfødereret kanon fortsatte med at skyde. Miles blev dødeligt såret af det sidste skud, der blev affyret på Harpers Ferry.
Yankees overgav 73 artilleristykker, 13.000 rifler og omkring 12.000 mand på Harpers Ferry. Det var den største enkeltstående unionsovergivelse af krigen.
Harpers Ferrys fald overbeviste Lee om at ændre sine planer. Efter at have lidt store tab den 14. september i Maryland i slaget ved South Mountain, nordøst for Harpers Ferry, havde Lee til hensigt at samle sine spredte tropper og vende tilbage til Virginia. Nu med Harpers Ferry sikker, kaldte han Jackson til at slutte sig til resten af sin styrke omkring Sharpsburg, Maryland. To dage senere, den 17. september, kæmpede Lee og McClellan slaget ved Antietam.
